中心采取学校领导下的主任负责制，由中心主任全面负责中心的建设、发展和运行；成立中心专家委员会，负责中心建设的咨询事宜，并通过实验室与设备管理处和教务处向学校仿真实验中心建设工作领导小组负责。中心下设中心办公室，分设3名副主任，分别负责实验教学、实验管理、实验技术和平台等工作。中心的管理体系如下图所示：

智能建筑与楼宇自动化虚拟仿真实验教学中心依托于省级智能建筑与楼宇自动化实验教学示范中心，其实验教学任务均由省级示范中心统一安排，中心主任由省级智能建筑与楼宇自动化实验教学示范中心担任，以保障中心的各项事务的顺利实施。中心组织管理模式如下： 

（1）中心属校、院两级管理体制，学校成立了由主管教学副校长为组长，实验室与设备管理处处长和教务处处长为副组长的实验中心建设工作领导小组，统一规划实验中心的整体建设。由学校聘任中心主任，并实行主任负责制，中心副主任由中心主任提名，经学校审批通过。

（2）教学指导委员会由多个学科专家组成，对实验室规划和建设提供专家咨询和指导。委员会的主要职责：为实验中心的发展规划与建设、教学与管理、教学研究与改革及人员培训、考核等工作提供意见与建议；并不定期开展实验室工作评估。 教学指导委员会的工作方式主要是每学期不定期召开会议，确定各项工作，会议由议题分管领导负责召集。

（3）中心主任全面负责中心的实验教学、建设和日常管理工作，下设办公室具体负责各项目的实验教学、建设和日常管理工作。

（4）实验骨干教师是中心实验教学的具体组织者和承担者，并负责所分管实验室的设备维护和安全卫生工作；实验技术人员实行坐班考勤制，负责实验室仪器设备维护及日常管理。

（5）实验教学中心大型仪器设备、通用性的仪器设备，以及购买和自编的软件可以在中心内各实验室调动，对相关学科、相关专业、学生创新实验及产学研联合体开放，提高了仪器设备资源的利用率。

（6）中心要求理论课教师每年承担一定比例的实验教学工作，和实验教师一起参与中心实验教学改革和实验室建设。