城市地下空间工程实验教学中心实行学校、学院两级管理体制。学校负责制定实验中心建设的各项政策和总体建设规划，提供教学改革与建设项目的经费，提供实验室用房和环境改善等所需经费；学院负责教学改革与建设项目的规划，实验中心队伍建设和环境建设，实验中心教学正常运转、仪器维修、仪器更新改造等。实验教学中心设主任一名。中心主任全面负责中心的实验教学与管理、教学资源和人力资源的配置以及实验中心的发展。每一个实验室都设有专人管理,并做到帐、物、卡严格一致。实验室实行制度化管理，对设备的采购、使用、管理、教学过程都通过制度保证高效地进行。